Да, влияет. Подробности ниже.
Я видел множество сайтов без закупных ссылок и трафика, которые в течении долгого времени лежали на дне выдачи.
И очень часто встречал ситуацию, когда сайт у клиента, без малейшей внутренней оптимизации, внезапно начинает занимать вполне приличные позиции в выдаче.
Возможно, Яндекс всего лишь судит по наличию трафика на сайте и его поведению, вне понимания используется ли директ или нет. Но ясно одно — если у вас есть коммерческий сайт и вам хочется побыстрее его продвинуть, то помимо закупки ссылок, не лишним будет сначала покрутить контекст.
А влияет ли Яндекс Директ на индексацию? Да. Сейчас я вижу примеры, когда после запуска Яндекс Директа, ускоряется немного индексация и сайт вылезает быстрее. Мне кажется, яндекс все-таки сводит параллели по поведенческим факторам рекламной выдачи и SEO.
Похоже, что в данном случае сыграли роль поведенческие факторы. Директ дает траф, а посетители уже сделали свое дело.
мооожет быть. мне особо не приходилось видеть трафик помимо директа — может и таргет вк, например, сработает похожим образом.